그 후 정인사는 연산군 10년(1504년) 화재로 소실되어
오랫동안 폐허로 남아있다가 이후 몇 번의 중수를
거쳐 광무 4년(1900년) 고종의 내탕금(內帑金)으로
현재의 위치인 갈현동 태화산(太華山) 자락에
다시 짓게 되었다.

김수온(金守溫)이 찬한 고양정인사중창기(高陽正因寺重創記)에 의하면 처음 절을 지은 이는 판화엄대선사(判華嚴大禪師)인 설준(雪峻)스님으로 법당등 모든 설계를 도맡아 했다고 한다.
성종2년(1471년) 덕종의 부인이 되는 인수대비가 “이 절을 처음 지을 때 급히 지어 재목이 좋지 못하고 쓰임새가 정밀하지 못하다”하여 판내시부사 이효지에게 명하여 중창하게 하였다고 한다. 이해 2월에 불사를 착공하여 10월에 낙성하였는데 이듬해 4월 초파일에 낙성법회를 성대하게 베푸니 인근의 승려 수만여명이 절하면서 일찍이 없던 일임을 감탄하였다고 한다. 새로 중창한 절의 규모는 총 119칸으로 단청이 아름다워 봉선사(奉先寺)와 쌍벽을 이루었다고 한다. 이후 수국사는 덕종, 예종의 원찰로서 오랫동안 왕실의 적극적인 지원을 받아왔다. 이는 “성종실록” 22년 10월 27일자 기사에 “호조에 전교하여 정인사에 봉선사의 예에 의하여 쌀 30섬과 면포, 정포 각각 50필을 하사하게 하였다”라는 기록등 왕조실록에서 확인할 수 있다. “연산군 일기” 10년 9월 24일자 기사에는 정인사에 실수로 화재가 발생하니 “능침(陵寢)에 가까운 절이라 하여 즉시 경기감사 안윤덕과 형조참판 박열을 불러 금표로부터 바로 가서 국문하게 하고 놀란 영혼들을 위해 위안제를 지내도록 하라”는 기록도 보인다.

수국사는 한 때 잦은 전란으로 퇴락하였으나 광무 1년(1897년) 3월 당시 북한산성 총섭(摠攝)으로 있던 월초거연(月初巨淵)스님이 진관사에 들러 불공을 올린 일이 계기가 되어 다시 중창불사를 하게 되었다. 그 때 스님은 진관사 대웅전 구석에 봉안되어있는 아미타좌상앞에 하나의 불기(佛器)도 없는 것이 이상하여 그 이유를 물으니 진관사의 스님이 “그 부처님은 수국사가 풍우(風雨)를 면치못하여 가까운 우리 절에 모신 것이나 차나 향을 공양하지 못했다”고 하자 월초스님은 깨달은 바가 있어 그 불상앞에 불공을 드리고 수국사를 중창하겠다고 서약하였다고 한다. 광무 4년(1900년) 세자로 있던 순종의 병이 위독하였는데 다급한 고종은 월초스님에게 세자의 쾌차를 빌도록 명하였다. 이에 스님은 청도 운문사의 사리암에서 백일 나반존자기도를 드렸는데, 기도를 드린지 80여일만에 세자의 꿈에 한 스님이 나타나 “어디가 아픈가?”하며 금침을 한번 놓는 사이 세자의 병이 말끔히 나았다고 한다.
이에 크게 기뻐한 고종이 월초스님에게 소원을 물으니 스님은 아무 소원도 없다고 했다. 그러나 고종은 “허면 스님에게 벼슬과 녹봉을 내리면 어떻냐?”로 물으니 이에 스님은 “출가한 자가 국가의 녹을 받으면 외람된다”고 사양하고 다만 서오릉 옆 수국사가 퇴락하여 향화(香火)가 끊어진 것이 애석하니 원컨대 근교에다 정사(精舍)를 내리시면 이보다 다행한 일이 없겠다며 수국사의 중창을 소망했다고 한다. 그러자 고종은 “효심과 신심은 본래하나(孝心信心元無二)”라 하고 어명을 내려 수국사를 중창하게 하였다고 한다.

이후 6.25동란으로 많은 피해를 입어 건물 대부분이 파괴되었는데 역대 주지스님들이 계속하여 중창불사를 거듭해오고 있으며, 2005년에 수국사 주지로 부임하였던 토진스님께서 부임당시 있었던 크고 작은 갈등과 종단에서 조차 파악하지 못한 부채 등 난마처럼 얽힌 사찰의 문제를 풀기위해 수국사가 안고 있던 많은 문제와 어려움을 극복하면서 기도와 수행공간으로서 지금의 모습으로 변모시켰으며 2007년 12월 전 조계사 주지셨던 원담스님께서 새로이 부임해서 사찰의 합리적 운영을 통해 수행과 포교 . 교육 등 전반적인 영역에서 질적인 변화를 모색하고 있으며 또한 서울시민과 모든 신도들에게 항상 열려져있는 공간으로 늘 가까이 다가서고 있으며 다양한 법회를 열어 부처님의 바른 가르침을 전하고있는 서울 서북부지역의 대표적 사찰이다.